COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 9.256102 12.345138 12.149397
2021-05-04 17:00:00 9.659440 9.659440 12.077760
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 12.254770
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 12.400688
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.467032
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 12.631854
2021-04-29 17:00:00 12.298707 12.298707 12.791049

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 8.325746
2021-05-04 17:00:00 5.494505 5.494505 8.470915
2021-05-03 17:00:00 9.762533 2.214243 8.437034
2021-05-02 17:00:00 15.014164 9.397163 8.550939
2021-05-01 17:00:00 10.600375 10.600375 8.560030
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 8.636732
2021-04-29 17:00:00 11.524823 11.524823 8.879203

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 19.897614
2021-05-04 17:00:00 11.960133 28.073090 19.587554
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.706344 19.538918
2021-05-02 17:00:00 22.383721 10.860367 19.612897
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 19.730745
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 19.927671
2021-04-29 17:00:00 23.024523 23.024523 20.158171

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 9.851321
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 10.143541
2021-05-03 17:00:00 13.028571 6.924829 10.447079
2021-05-02 17:00:00 14.689266 8.859975 10.827109
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 11.288230
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 11.585810
2021-04-29 17:00:00 12.643678 12.643678 11.872701

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 8.225797 8.225797 9.961526
2021-05-04 17:00:00 10.082570 10.082570 10.141155
2021-05-03 17:00:00 18.101170 6.393760 10.643741
2021-05-02 17:00:00 12.656806 12.656806 10.940161
2021-05-01 17:00:00 10.467551 10.467551 11.140059
2021-04-30 17:00:00 12.389843 12.389843 11.391601
2021-04-29 17:00:00 12.007981 12.007981 11.557946

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 13.004172 13.004172 22.282084
2021-05-04 17:00:00 16.079077 16.079077 22.553617
2021-05-03 17:00:00 31.344743 31.344743 23.266068
2021-05-02 17:00:00 36.398467 36.398467 23.855893
2021-05-01 17:00:00 20.284544 20.284544 24.221795
2021-04-30 17:00:00 34.615385 34.615385 24.773522
2021-04-29 17:00:00 20.936698 20.936698 25.230027

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 6.533984 6.533984 7.386148
2021-05-04 17:00:00 8.060606 8.060606 7.576363
2021-05-03 17:00:00 7.858243 7.858243 7.731945
2021-05-02 17:00:00 2.988792 2.988792 7.895562
2021-05-01 17:00:00 6.456283 6.456283 8.133607
2021-04-30 17:00:00 11.238293 11.238293 8.384369
2021-04-29 17:00:00 5.109139 12.234348 8.672148

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 4.199659 4.199659 4.983380
2021-05-04 17:00:00 4.623445 4.623445 5.045468
2021-05-03 17:00:00 9.788242 3.617854 5.109050
2021-05-02 17:00:00 11.804142 5.422946 5.223071
2021-05-01 17:00:00 5.720861 5.720861 5.350657
2021-04-30 17:00:00 6.330437 6.330437 5.487562
2021-04-29 17:00:00 5.380050 5.380050 5.627655

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 8.326180 8.326180 9.789125
2021-05-04 17:00:00 8.527542 8.527542 9.903016
2021-05-03 17:00:00 11.728931 6.277610 10.229052
2021-05-02 17:00:00 12.617114 12.617114 10.527318
2021-05-01 17:00:00 9.525881 9.525881 10.805729
2021-04-30 17:00:00 12.843183 12.843183 11.161861
2021-04-29 17:00:00 11.644101 11.644101 11.431667

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 9.270616 9.270616 10.647413
2021-05-04 17:00:00 9.111096 9.111096 10.739049
2021-05-03 17:00:00 8.229974 8.229974 11.297713
2021-05-02 17:00:00 11.111111 11.111111 11.596669
2021-05-01 17:00:00 10.743885 10.743885 11.927802
2021-04-30 17:00:00 11.802335 11.802335 12.291941
2021-04-29 17:00:00 13.010607 13.010607 12.662935

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 10.919089 10.919089 8.969072
2021-05-04 17:00:00 9.310817 9.310817 9.156649
2021-05-03 17:00:00 18.553459 2.604282 9.093918
2021-05-02 17:00:00 13.552361 5.682307 9.354195
2021-05-01 17:00:00 8.797554 8.797554 9.606135
2021-04-30 17:00:00 14.102564 14.102564 9.939937
2021-04-29 17:00:00 12.193191 12.193191 10.243163

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 3.533569 3.533569 5.347985
2021-05-04 17:00:00 1.103753 6.622517 5.246661
2021-05-03 17:00:00 6.162465 6.162465 5.241918
2021-05-02 17:00:00 6.167401 6.167401 5.151673
2021-05-01 17:00:00 5.317324 5.317324 5.314053
2021-04-30 17:00:00 5.131579 5.131579 5.236416
2021-04-29 17:00:00 7.047619 7.047619 5.474316

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 10.075027 10.075027 7.262016
2021-05-04 17:00:00 5.581040 5.581040 6.964870
2021-05-03 17:00:00 1.785714 25.357143 6.792167
2021-05-02 17:00:00 3.559071 3.559071 6.747047
2021-05-01 17:00:00 47.202797 24.825175 6.646414
2021-04-30 17:00:00 6.615385 6.615385 6.530875
2021-04-29 17:00:00 6.118881 6.118881 6.517793

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 2.505967 18.975904 24.230614
2021-05-04 17:00:00 21.428571 21.428571 25.071870
2021-05-03 17:00:00 1.724138 26.287744 25.947852
2021-05-02 17:00:00 16.666667 16.666667 26.758896
2021-05-01 17:00:00 20.365535 20.365535 27.317764
2021-04-30 17:00:00 34.519573 34.519573 28.257545
2021-04-29 17:00:00 37.634409 37.634409 29.442481

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 14.200030 14.200030 12.043237
2021-05-04 17:00:00 9.753483 9.753483 12.171999
2021-05-03 17:00:00 12.355908 5.344344 12.190904
2021-05-02 17:00:00 23.214286 11.118150 12.614846
2021-05-01 17:00:00 11.600684 11.600684 12.790492
2021-04-30 17:00:00 15.334517 15.334517 13.188009
2021-04-29 17:00:00 16.620669 16.620669 13.749132

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 22.488957 22.488957 34.235761
2021-05-04 17:00:00 27.919609 27.919609 33.776033
2021-05-03 17:00:00 12.894534 42.070824 34.375859
2021-05-02 17:00:00 72.192513 72.192513 35.135293
2021-05-01 17:00:00 42.529168 42.529168 35.389971
2021-04-30 17:00:00 35.612083 35.612083 36.472400
2021-04-29 17:00:00 38.212831 38.212831 37.335219

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 5.604321 5.604321 5.270982
2021-05-04 17:00:00 4.260549 4.260549 5.430725
2021-05-03 17:00:00 5.041322 2.078719 5.486238
2021-05-02 17:00:00 4.265566 4.265566 5.769334
2021-05-01 17:00:00 5.430933 5.430933 6.022770
2021-04-30 17:00:00 8.645432 8.645432 6.287648
2021-04-29 17:00:00 6.418605 6.418605 6.589794

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 8.444924 8.444924 9.689832
2021-05-04 17:00:00 10.565773 10.565773 9.750282
2021-05-03 17:00:00 11.495693 8.380909 9.992598
2021-05-02 17:00:00 14.577039 9.042989 10.166905
2021-05-01 17:00:00 10.862481 10.862481 10.361316
2021-04-30 17:00:00 10.176102 10.176102 10.459873
2021-04-29 17:00:00 10.397883 10.397883 10.677302

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 8.917656 8.917656 9.726345
2021-05-04 17:00:00 6.984171 6.984171 9.668848
2021-05-03 17:00:00 15.650741 15.650741 9.633883
2021-05-02 17:00:00 12.760007 12.760007 9.737566
2021-05-01 17:00:00 8.780536 8.780536 9.770033
2021-04-30 17:00:00 9.214150 9.214150 9.832940
2021-04-29 17:00:00 9.918914 9.918914 9.947344

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 13.617464 13.617464 9.974419
2021-05-04 17:00:00 10.710383 10.710383 9.982715
2021-05-03 17:00:00 21.084337 4.013761 10.156954
2021-05-02 17:00:00 27.777778 7.462687 10.466687
2021-05-01 17:00:00 8.743169 8.743169 10.724547
2021-04-30 17:00:00 14.598540 14.598540 11.206431
2021-04-29 17:00:00 21.534937 11.626575 11.542920

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 8.450704 8.450704 20.770991
2021-05-04 17:00:00 10.638298 10.638298 21.137459
2021-05-03 17:00:00 40.579710 40.579710 22.798709
2021-05-02 17:00:00 21.100917 21.100917 23.664004
2021-05-01 17:00:00 18.296530 32.132964 24.483180
2021-04-30 17:00:00 22.018349 22.018349 25.198198
2021-04-29 17:00:00 30.049261 30.049261 25.639494

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-05 17:00:00 18.122111 18.122111 19.206873
2021-05-04 17:00:00 21.149897 21.149897 19.510369
2021-05-03 17:00:00 18.019802 9.511367 20.253764
2021-05-02 17:00:00 13.260782 21.063887 20.811244
2021-05-01 17:00:00 20.342755 20.342755 21.385281
2021-04-30 17:00:00 20.138002 20.138002 22.029705
2021-04-29 17:00:00 24.993317 24.993317 22.566947

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.355987 10.355987 8.325746
Basilicata 22.407170 22.407170 19.897614
Calabria 7.939614 7.939614 9.851321
Campania 8.225797 8.225797 9.961526
Emilia-Romagna 13.004172 13.004172 22.282084
Friuli Venezia Giulia 6.533984 6.533984 7.386148
Lazio 4.199659 4.199659 4.983380
Liguria 8.326180 8.326180 9.789125
Lombardia 9.270616 9.270616 10.647413
Marche 10.919089 10.919089 8.969072
Molise 3.533569 3.533569 5.347985
P.A. Bolzano 10.075027 10.075027 7.262016
P.A. Trento 2.505967 18.975904 24.230614
Piemonte 14.200030 14.200030 12.043237
Puglia 22.488957 22.488957 34.235761
Sardegna 5.604321 5.604321 5.270982
Sicilia 8.444924 8.444924 9.689832
Toscana 8.917656 8.917656 9.726345
Umbria 13.617464 13.617464 9.974419
Valle d'Aosta 8.450704 8.450704 20.770991
Veneto 18.122111 18.122111 19.206873

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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